1) 与凹印和胶印相比，柔印密度曲线不稳定，印版厚度变化对于印刷质量有较大影响，这增大了柔印版彩色套印的难度。

2) 柔性版印刷采用网纹辊传墨，印版网线必须和网纹辊的线数相匹配，否则会造成高光区的小点陷入墨孔而印不出来，同时四色版的网角不能采用45°，否则易产生龟纹。

3) 网点增大较严重，因为柔性版硬度低，图文受挤压后容易变形，印刷过程中的网点增大比较严重。一般的增大范围在16%-30%，中间调最高可达50%，有2%-3%的网点增大至15%甚至更高。因此，印刷品的阶调层次难以得以保证，致使整个版层次向高调发展，暗调部分变成实地，网点出现空心、不光洁。网点层次发生变化会使图像严重偏色，整个画面看上去层次不明、不清晰、细微层次难以表现、立体感不强。在网点增大的影响下，柔性版印刷出的图像10%以下的高光层次丢失严重，85%以上暗调层次易变成实地。

4) 因为柔性版印刷的压力很小,压力稍有变化都会对印刷质量产生明显变化，压印力的控制变得非常重要。

5) 需重新设定分色参数，不能照搬胶印或凹印。目前我国引进的大多是机组式的柔印设备，机组一般有6-8个，再加上包装行业较多采用专色，因此，柔印在分色上要考虑多色分色，以弥补印刷上网点表现的不足。